一、免税政策目标
种子种源进口免税政策旨在支持引进和推广良种，加强物种资源保护，丰富我国动植物资源，发展优质、高产、高效农林业，降低农林产品生产成本。
二、免税品种范围
（一）与农林业生产密切相关，并直接用于或服务于农林业生产的下列种子(苗)、种畜(禽)和鱼种(苗)（以下简称种子种苗）：
1.用于种植和培育各种农作物和林木的种子（苗）；
2.用于饲养以获得各种畜禽产品的种畜（禽）；
3.用于培育和养殖的水产种（苗）；
4.用于农林业科学研究与试验的种子（苗）、种畜（禽）和水产种（苗）。
（二）野生动植物种源。
（三）警用工作犬及其精液和胚胎。
三、免税申请条件
（一）种子种苗进口免税应同时符合以下条件：
1.在免税货品清单内，即属于附件1第一至第三部分所列货品。
2.直接用于或服务于农林业生产。免税进口的种子种苗不得用于度假村、俱乐部、高尔夫球场、足球场等消费场所或运动场所的建设和服务。
（二）野生动植物种源进口免税应同时符合以下条件：
1.在免税货品清单内，即属于附件1第四部分所列货品。
2.用于科研，或育种，或繁殖。进口单位应是具备研究和培育繁殖条件的动植物科研院所、动物园、专业动植物保护单位、养殖场和种植园。
（三）免税进口工作犬相关货品应为军队、武警、公安、安全部门(含缉私警察)进口的警用工作犬，以及繁育用的工作犬精液和胚胎。
四、免税政策操作流程
（一）种子种苗和野生动植物种源操作流程。
申请免税进口第二条（一）、（二）项下货品的进口单位，应向农业部或国家林业局（以下称产业主管部门）提出年度免税进口需求。产业主管部门汇总后向财政部提出年度免税进口建议，财政部会同海关总署和国家税务总局在附件1所列免税货品清单范围内，核定年度免税进口计划。产业主管部门在年度免税进口计划内为进口单位进行有关单据的标注工作。进口单位在产业主管部门标注的免税品种、数量范围内，按有关规定向海关申请办理减免税手续。具体流程及要求如下：
1.进口单位提出进口需求。
符合第三条（一）、（二）规定的进口单位，应按照产业主管部门相关规定，向其提出年度免税进口需求，说明需要免税进口的品种、数量、最终用途等必要情况。其中，以科研为目的，申请免税进口野生动植物种源的，应说明科研项目简况，并在科研项目结束后60日内，向产业主管部门提供科研项目成果。
2.产业主管部门提出免税进口建议。
产业主管部门不迟于当年11月30日，结合产业发展规划、进口单位免税进口需求以及免税进口计划执行情况，在附件1所列免税货品清单范围内，向财政部提出今后年度免税进口建议，并抄送海关总署和国家税务总局。
产业主管部门应在免税进口建议中，对建议数量的增减情况进行分析说明，其中以育种或繁殖为目的的野生动植物种源，建议数量应以确保野生动植物存活和种群繁衍的合理需要为限。
产业主管部门提出的免税进口建议，应涵盖其主管的全部免税进口货品，可以包括连续数个年度免税进口数量，并按照附件2格式报送。
3.财政部会同有关部门核定年度免税进口计划。
财政部会同海关总署、国家税务总局对产业主管部门报送的年度免税进口建议进行审核，在附件1所列免税货品清单范围内，核定年度免税进口品种和数量。核定的年度免税进口数量原则上不低于上一年度核定数量的40%。
经核定的年度免税进口计划在公历年度当年内有效，不得跨年度结转。除特殊情况外，已经核定的年度免税进口计划原则上不予追加。
4.产业主管部门标注确认进口单位的免税进口品种和数量。
产业主管部门在对动植物苗种进（出）口、种子苗木（种用）进口、野生动植物种源进（出）口审批的同时，应分别按照附件3、4、5表格，标注确认进口单位所进口的品种和数量是否符合年度免税进口计划所核定的免税品种、数量范围，并对可转让和销售的种子种源（仅限于附件1第1～3项，第9～11项，第16～30项，第44～47项货品）的免税品种和数量范围，在“最终用途”栏内标注“可转让和销售”。
对于每个免税品种，产业主管部门标注确认的免税数量合计，不得超出对该品种核定的年度免税进口计划数量。
在当年免税进口计划印发之日前，对于上一年度免税进口计划中已列名的品种，产业主管部门在对进口审批的同时，可以在上一年度核定的免税进口计划数量的40%以内，标注确认免税进口品种和数量，并对可转让和销售的种子种源（仅限于附件1第1～3项，第9～11项，第16～30项，第44～47项货品）的免税品种和数量范围，在“最终用途”栏内标注“可转让和销售”。
5.进口单位办理进口减免税手续。
进口单位应在附件3、4、5表格明确的有效期内，严格按照产业主管部门标注确认的免税品种、数量、最终用途，按海关有关规定向海关申请办理减免税手续。
未经产业主管部门标注确认免税的进口货品应照章征收进口环节增值税。
（二）工作犬相关货品操作流程。
申请免税进口第二条（三）项下货品且符合第三条（三）项规定的进口单位，凭主管部门出具的证明有关工作犬和工作犬精液及胚胎属于免税品种范围的说明文件，以及其他相关材料，按有关规定向海关申请办理减免税手续。
五、免税政策监管
种子种源在免税进口后，由产业主管部门和工作犬相关货品的主管部门加强管理。产业主管部门和工作犬相关货品的主管部门应确保进口单位和免税进口种子种源的最终用途符合第三条规定。
免税进口的种子种源，除产业主管部门按第四条相关规定已标注“可转让和销售”的以外，未经合理种植试验、培育、养殖或饲养，不得擅自转让和销售。产业主管部门应在本通知印发后2个月内另行制定出台“合理种植试验、培育、养殖或饲养”的标准，并配合有关部门做好相关工作。对违反本通知规定的种子种源进口单位，暂停其1年免税资格；对依法被追究刑事责任的种子种源进口单位，暂停其3年免税资格。
从2017年起，产业主管部门每年不迟于1月31日向财政部报送上一年度免税进口计划执行情况，并对免税进口计划执行率较低的品种，进行分析说明。进口计划执行情况按照附件6、7格式提供，同时抄送海关总署和国家税务总局。
财政部将会同海关总署、国家税务总局等有关部门适时对政策执行情况进行监督检查。对擅自超出核定免税进口计划以及超过上一年度核定免税计划数量40%标注确认免税进口品种和数量的产业主管部门，一经核实，财政部将会同海关总署、国家税务总局将有关情况函告产业主管部门，请其限期整改。
财政部、海关总署、国家税务总局及农业部、国家林业局等有关部门及其工作人员在种子种源进口免税政策执行过程中，存在违反执行免税政策规定的行为，以及滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等违法违纪行为的，按照《预算法》、《公务员法》、《行政监察法》、《财政违法行为处罚处分条例》等国家有关规定追究相应责任；涉嫌犯罪的，移送司法机关处理。
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